او در نامه سرگشاده ای به حسین شریعتمداری سئوال کرده بود که برنامه هسته ای جمهوری اسلامی چه دستاوردی برای کشور داشته.
آقای زیباکلام می گوید که شکایت از او توسط مدعی العموم یعنی دادستان صورت گرفته: "دادستان مشخصا درباره نامه سرگشاده من به حسین شریعتمداری درباره بحث هسته ای و دفاع از مه آفرید امیرخسروی، متهم اختلاس معروف به 3 هزار میلیارد تومانی از من شکایت کرده است. بعد از اینکه جبهه پایداری حمله شدیدی را به توافق ژنو آغاز کردند بنده نامه ای سرگشاده خطاب به حمید رسایی نوشتم. روزنامه کیهان حملاتی نسبت به من در صفحه دوم اش منتشر کرد من هم نامه سرگشاده ای خطاب به آقای شریعتمداری نوشتم مبنی بر اینکه شما که اینقدر از بحث هسته ای دفاع می کنید بفرمایید این بحث هسته ای چه گلی به سر مملکت زده و برای اقتصاد و توسعه و پیشرفت ایران، علیرغم هزینه سنگینی که شده چه دستاوردی داشته؟ چه هزینه هایی که مستقیم صرف هسته ای شده و چه هزینه های خیلی خیلی بیشتری که به صورت غیرمستقیم و در قالب تحریم ها تحمیل شده".
استاد دانشگاه تهران می افزاید: "آقای شریعتمداری در کیهان جواب دادند که شما به دلیل مخالفت امریکا با برنامه هسته ای ما، چون ترسیدید و مرعوب غرب هستید چنین می گویید. شما اگر واقعا از نظر اقتصادی به فکر مردم هستید چرا از مفسدین اقتصادی و کسانی که بیت المال را غارت کردند و متهمین اختلاس سه هزار میلیارد تومانی دفاع می کنید؟ من نامه دومی نوشتم که دادستان انقلاب مجرمانه تلقی کرده و دیروز بنده را بعد از بازپرسی، در مورد نشر اکاذیب، تهمت و افترا و توهین به قوه قضائیه، شایعه پراکنی، تضعیف نظام، تبلیغ علیه نظام و تشویش اذهان عمومی تفهیم اتهام کردند. دادستان مشخصا گفت که شما حق نداشتید درباره برنامه هسته ای چنین مطالبی بگویید و حق نداشتید بگویید برنامه هسته ای هیچ فایده ای برای کشور نداشته. در این نامه درباره بحث دادگاه معروف به اختلاس سه هزار میلیاردی هم خطاب به شریعتمداری نوشته بودم که من به کم و کیف مساله اشراف ندارم اما آنچه که از این دادگاه بر می آمد، چه حکم دادگاه و چه دیوان عالی کشور که رای را تایید کرد این دادگاه بیشتر برای اقناع و ارضای افکار عمومی بود نه کشف حقیقت. در همه دنیا دادگاه هایی که برای ارضای افکار عمومی تشکیل می شوند هیچ وقت خیلی محاکمات عادلانه ای از آب در نیامده اند.
این را دادستان انقلاب مصداق توهین و افترا به قوه قضائیه گرفته و بازپرس قرار کفالت صادر کرد به مبلغ ۵۰ میلیون تومان. حالا منتظریم ببینیم چه می کنند".
سئوال می کنم:خود شما درباره این شکایت و اتهاماتی که به شما تفهیم شده چه فکر میکنید؟ آقای زیباکلام می گوید: "من از آقای شریعتمداری و آقای رسایی پرسیده بودم که واقعا بگویند برنامه هسته ای چه دستاوردی داشته. چون آنچه که گفته می شود فقط موضوعات سیاسی است، مثلا می گویند جایگاه ایران در عرصه بین الملل خیلی بالا رفته، احترام ایران به خاطر برنامه هسته ای خیلی زیاد شده. من می گویم کره شمالی و پاکستان هم در این زمینه پیشرفته تر هستند چه جایگاهی در عرصه بین الملل دارند؟ جایگاهی ندارند. اصلا اینطور نبوده که به خاطر برنامه هسته ای جایگاه ما بالا رفته باشد بلکه اتفاقا پایین هم آمده و دچار مشکل شده ایم. بخش عمده ای از قدرت های دنیا دشمن ما شده اند. فارغ از اینکه امریکا و غربی ها با برنامه هسته ای ما موافق هستند یا مخالف، این برای من مهم نیست. اگر تمام کشورهای عضو سازمان ملل با برنامه هسته ای ما موافقت می کردند باز هم نباید ما اینقدر برای برنامه هسته ای هزینه بکنیم. کشوری که از نظر سرانه بهداشت و آموزش و پرورش و محیط زیست یکی از عقب مانده ترین کشور ها و هم رده کشورهای توسعه نیافته افریقایی است آیا اولویت اش نباید بهداشت، آموزش و پرورش، محیط زیست، جلوگیری از خشک شدن دریاچه ارومیه و کارون و زاینده رود باشد؟ آیا بودجه مملکت نباید صرف اینها شود نه برنامه هسته ای؟ صرف نظر از اینکه امریکایی ها موافق یا مخالف برنامه هسته ای ما باشند، اولویت اقتصادی ما به هیچ وجه این همه هزینه سنگین برای برنامه هسته ای نیست".
او می افزاید:" اینها باعث عصبانیت دادستان شده. درباره دادگاه اختلاس هم همین طور خیلی به دادستان و قوه قضائیه برخورده. به بازپرس گفتم که من و آقای شریعتمداری و حمید رسایی یکسری نظراتی را درباره هسته ای مطرح کردیم آنها می گویند هسته ای خوب بوده و توافق ژنو ترکمنچای و تسلیم و خفت و سازش است، بنده به ژنو کاری ندارم، می گویم اصلا کل سرمایه هسته ای ما اتلاف عظیم سرمایه مالی مملکت بوده که باید در جاهای دیگری از این سرمایه استفاده می شد. جاده های کشور مثل تونل مرگ هستند و کشور ایران یکی از بالاترین آمار تصادفات جاده ای را در دنیا دارد. آیا نباید این جاده ها درست شوند که از امار تصادف کاسته شود؟ یا بیمارستان های ما، همین چند وقت پیش وزیر بهداشت گفته بود گداخانه هستند. خب اولویت چیست و کجاست؟ اولویت آیا بهداشت نیست؟ آیا آموزش و پرورش نیست؟ یا اینکه میلیاردها دلار هزینه کنیم که اورانیوم ۲۰ درصد غنی شود و بعد کلی خرج کنیم و تبدیل به اکسید کنیم. اینها را من می گویم می شود تبلیغ علیه نظام و.. ولی شریعتمداری و رسایی که حرف می زنند و دفاع می کنند اشکالی ندارد؟ یعنی اگر از برنامه هسته ای دفاع نکنیم مجرم و خرابکار می شویم؟ معنی اش همین است دیگر".
