با این همه برخی از روحانیون نزدیک آیت‌الله خمینی و هم خود وی، مخالف تأسیس چنین حزبی بودند. اکبر هاشمی‌رفسنجانی گفته است: "همه دوستان احساس کرده بودند که اگر ما تشکیلات درستی داشتیم، دچار این آشفتگی‌ها نمی‌شدیم. پیش از این ـ و در همان روزهای آزادی من از زندان ـ بحث حزب شده بود و تلاشی هم برای فراهم کردن مقدماتش کرده بودیم، اما با مخالفت امام روبرو شده بود. امام از اول، نسبت به حزب بدبینی خاصی داشتند و آن راموجب تفرقه می‌دانستند." ( روزنامه اطلاعات ـ ۴/۱۲/۱۳۷۵).
مؤسسین حزب، بلافاصله پس از پیروزی انقلاب تلاش کردند که موافقت آیت‌الله خمینی را برای تشکیل حزب جلب کنند. هاشمی رفسنجانی می‌گوید: "دولت که تشکیل شد من خودم رفتم پیش امام، گفت‌وگوی صریحی با امام کردم و گفتم بالاخره تا به حال ما مبارزه می‌کردیم اما از این به بعد مسؤول اداره کشوریم. در اولین قدم شما دیدید که یک حزب کوچک توفیق پیدا کرد دولت درست کند، اگراینها نبودند شما حتماً مشکلتان بیشتر بود. به علاوه بیرون می‌بینید احزاب چگونه فعالیت می‌کنند...من گفتم ببینید بخشی از قلمرو جامعه را اینها دارند پر می‌کنند، ما هیچ جا نیستیم، در حالی که همه جا هستیم، معلوم است که حزب در شرایط مسؤولیت اداره کشور یک ضرورت است. به هر حال اگر ما حزب نداشته باشیم دیگران که حزب دارند، شما که جلو دیگران را نمی‌خواهید بگیرید. خوب آنها که دارند، فقط دوستان شما تشکیلات ندارند... گفتم روحانیت الآن انسجامی که شما فکر می‌کنید، حتی در این شرایط ندارند، هرچه‌هم پیش برویم بدتر می‌شود، ما تشکیلات می‌خواهیم؛ ایشان پذیرفتند و گفتند که حزب تشکیل بدهید."
از طرفی، آیت‌الله مرتضی مطهری نزدیکترین مشاور رهبرانقلاب، موافقت چندانی با تشکیل حزب نداشت. درمیان پنج تن مؤسسین حزب جمهوری، سیدمحمد حسینی‌بهشتی، سیدعلی خامنه‌ای، سیدعبدالکریم موسوی‌اردبیلی، اکبر هاشمی‌رفسنجانی و محمدجواد باهنر، نام مرتضی مطهری بزرگترین غایب محسوب می‌شد. آیت‌الله بهشتی همان زمان در یک سخنرانی گفته بود: "مرحوم استاد مطهری رحمة‌الله‌علیه در همان آغاز، این مطلب را به عده‌ای از دوستان می‌فرمود که این برادرهای ما دست به کاری زدند که اگرنیتشان خدا نباشد، خسارت کرده‌اند." (عملکرد یکساله حزب جمهوری اسلامی ـ گفتار شماره ۱۳ـ ص۵).
آیت‌الله بهشتی در گفت وگویی دیگر درباره موضع آیت‌الله مطهری درباره حزب می‌گوید: "دقیقاً به یادم نمانده، اما به احتمال قوی به ایشان هم گفته بودیم که ما می‌خواهیم یک تشکیلات حزبی به وجود بیاوریم. مرحوم آقای مطهری اصولاً چه در کارهای علمی و چه در کارهای دیگر تنها کار می‌کرد. خود من در دو نوبت به ایشان پیشنهاد کردم که بیاییم کار تحقیقاتی‌مان را به صورت یک جمع محقق هماهنگ در بیاوریم، ایشان می‌خواست این کار را بکند و می‌گفت خوب است، ولی عملاً باز در همان کار فردی‌شان متمرکز و غرق می‌شدند. به هرحال من دقیقاً یادم نیست که آیا قبلاً ایجاد تشکیلات سیاسی را با ایشان کاملاً در میان گذاشتیم یانه، چون اجمالاً ایشان می‌دانستند."
آیت‌الله مطهری بعد از تشکیل حزب نیز به عضویت آن درنیامد.
بهشتی در همان گفتگو تاکید می‌کند که در ابتدا قرار بر آن بود که حدود ۴۰ تا ۵۰ نفر از گروه‌های مختلف اجتماعی که یک سوم آنها روحانی و دوسوم غیرروحانی هستند، دراعلام تأسیس حزب شرکت کنند، لیکن پس از پیروزی انقلاب، برای تعجیل در این کار، تنها ۵ نفراعلامیه تأسیس را امضا می‌کنند. او درباره دیدارهای مقدماتی با نیروهای سیاسی دیگر درباره تشکیل حزب جمهوری نیز گفته است: "با عده‌ای از دوستان غیرروحانی این مسأله را مطرح کردیم. ما فکر تشکیل حزب را حتی به آقای مهندس بازرگان، آقای دکتر سحابی، آقای عزت‌الله سحابی، آقای فریدون سحابی، آقای مهندس توسلی و آقای دکتر عالی و آقای مهندس کتیرایی شهردار فعلی تهران [درآن زمان] و عده‌ای از این دوستان تحصیلکرده درمیان گذاشته بودم. و باعده ای از دوستانی هم که در اصناف هستند و سابقاً در فعالیتهای مبارزاتی بودند نیز درمیان گذاشته بودند. همچنین با آقای دکتر آیت و آقای عسگراولادی و مرحوم عراقی و آقای اسلامی و آقای پیمان هم درمیان گذاشته بودیم و بنا بود در آن هسته اصلی، من و آقای خامنه‌ای و آقای دکتر باهنر و آقای موسوی‌خوئینی و آقای دکتر پیمان بیش از همه روی تهیه مرامنامه و اساسنامه و تشکیلات و نقطه نظرها باهم کار کنیم، به طوری که آقای دکتر پیمان دراین کار با ما جلسات زیادی داشتند وباهم چیزهایی تهیه می‌کردیم و آن چیزهایی که تهیه می‌شد، نتیجه کارمشترک ما چند نفر بود."
با این همه، پس ازتشکیل حزب، بسیاری از این افراد که بهشتی نام می‌برد، وارد حزب نشدند.
سید حسن آیت، درباره این گفتگوهای اولیه با نیروهای مختلف سیاسی، گفته است: "دقیقاً از موقع انقلاب، من صریحاً اعلام کردم که اینها خط ما نیستند، اینها جدا هستند و شما نمی‌توانید با اینها یکسان عمل کنید. حتی موقعی که حزب جمهوری را داشتیم علنی پایه گذاری می‌کردیم آن قبل از انقلاب، خوب، اینها فکر می‌کردند پیمان، بنی‌صدر، بازرگان، سحابی و مدنی هم قابل همکاری هستند و حتی مطرح کردند حاج سیدجوادی و فلان. من از همان اول گفتم اینها نمی‌توانند با شما همکاری کنند. اگر دعوتشان کنید به همکاری بیایند، کار را از دست شما می‌گیرند و خراب می‌کنند و نمی‌گذارند. ولی اینها قابل فهم نبود اما بتدریج که آمدند پیش، برای اینها روشن شد... حالا حزب، بالطبع خب، در خطی که من گفته‌ام، البته تاحدی، قرار گرفته است." (زندگینامه، دفاعیات، نطق ها، سیدحسن آیت، ص ۳۶).
سید حسن آیت، بعدها از فعال‌ترین اعضای شورای مرکزی حزب شد. او پیش از پیروزی انقلاب مدتی با مظفر بقایی، دبیر حزب زحمتکشان روابط سیاسی نزدیکی داشت و همین روابط، مسائل بحث‌انگیزی را درباره وی مطرح می‌کرد. گفته می‌شد دلیل اصلی فاصله‌گرفتن حزب جمهوری از دیگر نیروهای مذهبی- سیاسی اقدامات آیت از یک طرف و نفوذ هیات‌های موتلفه در حزب جمهوری از طرف دیگر است.
عبدالمجید معادیخواه که خود در حزب جمهوری اسلامی حضور داشت، گفته است: "جمعیت مؤتلفه، در واقع ازموضع یک تشکل وارد حزب شده بود و تشکل خودشان راحفظ کرده بودند. حالا به هربهانه و به هردلیلی همان زمان نیز که مؤتلفه‌ای‌ها در شورای مرکزی حزب بودند، جمعیت مؤتلفه شب‌های سه شنبه، جلسه تشکیل می‌داد و حدود ۵۰ نفر از سرانشان آنجا شرکت می‌کردند. وقتی یک جریانی با حفظ تشکل خود وارد یک جریان دیگر بشود، طبعاً یک عوارضی به وجود می‌آورد... بردن یک تشکل داخل یک تشکل دیگر خود به خود مسأله آفرین است."
معادیخواه به خاطره‌ای با محمدعلی رجایی هم اشاره می‌کند: "در جریان تجدید سازمان روحانیت مبارز که دعوتی شده بود تا مرکزیت سازمان روحانیت تجدیدنظر بشود، مرحوم آقای رجایی نیز آمده بود آنجا. با آقای رجایی که قدم می‌زدم از ایشان پرسیدم که شما چرا توی حزب نرفتید؟ دعوت نشدید یا شما بنا نداشتید؟ شما که خیلی به دوستان نزدیک هستید. تعبیر آقای رجایی یک مقدار تند بود، ایشان گفتند که این حزب نیست، شرکت سهامی است."
حزب جمهوری اسلامی خیلی زود به عنوان گروهی قدرتمند در عرصه سیاسی کشور در آمد و به مرور همه ارکان قدرت را تسخیر کرد. در انتخابات ریاست‌جمهوری آیت‌الله بهشتی قصد داشت تا به عنوان کاندیدای حزب در انتخابات شرکت کند، اما مخالفت آیت‌الله خمینی از این اقدام ممانعت کرد. هاشمی رفسنجانی می‌گوید: "آن زمان در انتخابات ریاست جمهوری هم دست حزب جمهوری بسته شد وگرنه ما نمی‌گذاشتیم ماجرای بنی‌صدر و آن فتنه ها پیش بیاید. نامزد اصلی آقای بهشتی بودند؛ وقتی که قرار شد، رئیس‌جمهور، روحانی نباشد کار مشکل شد. در جناح ما شخصیت‌هایی که می‌توانستند رأی بیاورند، عمدتاً روحانی بودند. یک دفعه ما از مهمترین ابزارمان، دستمان کوتاه شد."
جلال‌الدین فارسی اما می‌گوید: "شما می‌دانید که ابتدا قرار بود فردی روحانی رئیس جمهور بشود ولی ما کاری کردیم که نظر شورا عوض شود. ما از درون شورای مرکزی، در رابطه با حزب و دولت و شورای انقلاب خیلی مؤثر بودیم." (اولین رئیس جمهور ـ ص ۲۶).
فارسی، خود به عنوان کاندیدای حزب مطرح شد، لیکن به علت طرح مسأله غیرایرانی بودنش در آخرین روزهای رقابت انتخاباتی، کنار رفت. در آن زمان با اینکه حسن آیت دیگر عضوشورای مرکزی حزب نیز از جمله کاندیداها بود، حزب جمهوری از وی حمایت نکرد.
پس از شکست حزب جمهوری در انتخابات ریاست‌جمهوری، تقابل حزب با ابوالحسن‌بنی‌صدر رئیس‌جمهور منتخب آغاز شد. در بیست وهشتم بهمن ۱۳۵۸ یعنی بیست وسه روز پس از انتخاب بنی صدر، پنج تن از مؤسسان حزب جمهوری، نامه‌ای به آیت‌الله خمینی نوشتند که به گفته هاشمی رفسنجانی این نامه ارسال نشد. در این نامه آمده بود: "حذف حزب جمهوری‌اسلامی از جریانات انتخابات ریاست جمهوری که با مقدمات حساب شده‌ای پیش آمد، مخالفان را جری و امیدوار کرد و تلاش‌ها را مضاعف کردند… متأسفانه این خطر به طور جدی وجود دارد که انتخابات مجلس شورای ملی، تحت تأثیر همین جو ناسالم منجر به انتخاب شدن افرادی که تسلیم رئیس‌جمهورند، بشود و از داشتن مجلسی مستقل و حافظ اسلام در مقابل انحراف احتمالی مجریان، محروم گردیم… طرح کنگره وحدت برای انتخابات … وسیله‌ای برای به مجلس رفتن افرادی خواهد شد که به عاقبت آن خوشبین نمی‌توان بود… خلاصه: علائم تکرار تاریخ مشروطه به چشم می‌خورد." (عبور از بحران ـ ص ۱۶ و ۱۷).
مخالفت اعضای حزب جمهوری با بنی‌صدر در حالی که هنوز انتخابات مجلس برگزار نشده و دولت او تشکیل نشده بود، نشان می داد که جنگ قدرت ارتباطی با نحوه اداره کشور ندارد و حتی پیش از استقرار دولت جدید آغاز شده است.
بعدها سران حزب نامه‌های متعددی علیه ابوالحسن بنی‌صدر به آیت‌الله خمینی نوشتند. از جمله آیت‌الله بهشتی در نامه‌ای به وی گفته بود: "اختلاف این آقایان با ما بیش از هر چیز به مسائلی مربوط می‌شود که برای حضرتعالی و ما و همه نیروهای اصیل اسلامی یکسان مطرح است. این اختلاف به خصوص در مورد رعایت یا عدم رعایت کامل معیارهای اسلامی در گزینش افراد برای کارها و در برخورد قاطع با جریان‌های انحرافی است."
بهشتی نوشته بود: "پناه دادن رئیس جمهور به مخالفان حاکمیت اسلام، عرصه کار را بر همه کسانی که شب و روز در این راه تلاش کرده و می‌کنند، روز به روز تنگ‌تر می‌کند."
پس از انتخابات مجلس و تسخیر آن توسط حزب‌جمهوری، درگیری حزب با رئیس‌جمهور به درگیری مجلس و رئیس‌جمهور تغییر ماهیت داد. تلاش‌های برخی چهره‌های میانه‌رو هم سودی نداشت. مهدی بازرگان طی نطقی که اواخر بهمن ۱۳۵۹ در مجلس ایراد کرد، به اختلاف‌ها اشاره کرده و گفته بود: "سه شخص یا سه مقام درگیر این جریان و مسؤول قضایا هستند که برحسب سلسله مراتب منعکس کننده در قانون اساسی نام می‌برم و عرایضی خدمتشان می‌نمایم: الف: جناب آقای ابوالحسن بنی‌صدر، رئیس‌جمهور… اولاً به مقام و متن خود توجه و تکیه زیاد دارند، ثانیاً اقدامات و اختیاراتی مستقیم‌تر و آزادتر از آنچه قانون‌اساسی، تعیین کرده است برای خود قائل بوده و احیاناً دخالت‌هایی از بالا به نخست‌وزیر و وزیران نموده‌اند ثالثاً بیش از آنچه متانت و محدودیت‌های در شأن رئیس‌جمهوری اقتضا می‌نماید در مقام یک نویسنده آزاد یا خطیب سیاسی، به مقاله و سخنرانی و تعلیم و تبلیغ می‌پردازند. ب: جناب آقای محمدعلی رجایی، نخست‌وزیر. جناب آقای رجایی که خود را برادر کوچک آقای رئیس جمهور معرفی کرده‌اند، چه بسا شرط برادری و کوچکی به جا نمی‌آورند و تمایل و تمکین بیشتر به گروه حاکم ابراز داشته و سعی دارند راهها را به رئیس جمهور ببندند، گزارش ندهند و رعایت حق ریاست و نظریات ایشان را ننمایند." او در پایان گفت: "ج: جناب آقای دکتر بهشتی، رئیس دیوانعالی کشور هستند… می‌دانیم که ریاست محترم دیوان عالی کشور، ضمن دبیر فعال حزب خود بودند و اتخاذ مواضع سیاسی غیربی‌طرفانه، اوقات زیادی را به سخنرانی و مصاحبه‌ها صرف کرده و با استفاده ممتاز و استثنایی از رسانه‌های گروهی و از امکانات عمومی به تبلیغات می‌پردازند و برخلاف اصل مسلم تفکیک قوای سه گانه و عدم تداخل آنها، کمتری از امور مملکت هست که به طور رسمی یا غیررسمی تحت تأثیر و فرمان ایشان نباشد." (روزنامه میزان ـ ۲۷/۱۱/۱۳۵۹).
تلاش برای آشتی بی‌ثمر بود و نهایتا به برکناری رئیس‌جمهور توسط مجلسی انجامید که در سیطره حزب جمهوری اسلامی بود. اکبر هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود علت اصلی این اختلاف‌ها را چنین شرح داده است: "آقای محمد مجتهدشبستری آمد و بیش از یک ساعت درباره اختلاف ما [خط امام] با لیبرال ها [آقای بنی صدر و نهضت آزادی و …] توضیحاتی می‌خواست و گفتم، مسأله بر سر «اسلام فقاهتی» است. آنها این فقه را قبول ندارند و ما راهی در حکومت اسلامی جز با اجرای همین فقه (با کار بیشتر و اجتهاد زنده) نمی‌بینیم." (عبور از بحران ـ ص ۶۰).
چند روز پس از آن، یکی از اعضای حزب جمهوری با نام محمدرضا کلاهی، دانشجوی سال اول رشته برق دانشگاه علم و صنعت، بمبی در دفتر این حزب کار گذاشت و برخی از اعضای حزب را به صورت تلفنی به جلسه دعوت کرد. انفجار بمب در هفتم تیرماه سال ۶۰ حادثه‌ای بود كه ته مانده فضای آزادی بعد از انقلاب را هم بر باد داد و جنگ قدرت، به جنگی خونین تبدیل شد.
* (نقل قول‌های بدون ماخذ در متن از کتاب احزاب سیاسی در ایران ـ ویژه‌نامه یاد- ۱۳۷۸ است)
